Poland – Laboratory, optical and precision equipments (excl. glasses) – Dostawa systemu do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiającego analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR] na rzecz Instytutu Agrofizyki im. B. Dobrzańskiego PAN w Lublinie

Przedmiotem zamówienia jest dostawa systemu do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiającego analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR] na rzecz Instytutu Agrofizyki im. B. Dobrzańskiego PAN w Lublinie. Zakres zamówienia obejmuje dostawę na rzecz Zamawiającego: systemu do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiającego analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR]. Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia zawarty jest w Załączniku nr 1 do SWZ. ZESTAWIENIE MINIMALNYCH WYMAGANYCH PARAMETRÓW TECHNICZNYCH I UŻYTKOWYCH System do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiający analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR] Lp. MINIMALNY PARAMETR WYMAGANY: WARUNEK: OFEROWANE PARAMETRY/WARUNKI/MODEL (wypełnia wykonawca): 1. System do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiający analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR] Warunek konieczny 2. Waga urządzenia nie większa niż 360 kg Warunek konieczny 3. Powierzchnia robocza zajmowana przez urządzenie nie większa niż 0,6 m2 Warunek konieczny 4. Wymiary urządzenia nie większe niż: wysokość 170 cm, szerokość 95 cm, głębokość 90 cm Warunek konieczny 5. Urządzenie wyposażone w wyświetlacz LCD wraz z panelem dotykowym służącym do interaktywnej obsługi przez użytkownika Warunek konieczny 6. Przestrzeń robocza urządzenia wyposażona w: ramię robotyczne, przestrzeń przeznaczoną na płytki z odczynnikami, przestrzeń na pojemniki z tipsami, przestrzeń na płytki (chipy) do sekwencjonowania, strefę zrzutu odpadów Warunek konieczny 7. Urządzenie umożliwiające sekwencjonowanie pojedynczych cząsteczek DNA w czasie rzeczywistym Warunek konieczny 8. Urządzenie zapewniające możliwość uzyskania >5Gb danych oraz >370 000 odczytów z jednego czipu, >80Gb danych i >6 000 000 odczytów przy pełnej przepustowości urządzenia Warunek konieczny 9. Sekwencjonowanie DNA przy użyciu trójfosforanów deoksyrybonukleotydów kowalencyjnie połączonych z odpowiednimi fluoroforami – fluorofory przyłączone do 5’ terminalnej reszty fosforanowej (fosforan w pozycji gamma) Warunek konieczny 10. Reakcja sekwencjonowania odbywa się w studzienkach reakcyjnych, w których immobilizowana jest pojedyncza cząsteczka rekombinowanej polimerazy DNA oraz matryca DNA/cDNA Warunek konieczny 11. Reakcje sekwencjonowania pojedynczych cząsteczek DNA w czasie rzeczywistym zachodzą w objętości należącej do rzędu wielkości zeptolitrów Warunek konieczny 12. Sekwencjonowanie genomowego DNA bez konieczności uprzedniej amplifikacji materiału biologicznego metodą reakcji łańcuchowej polimerazy – PCR Warunek konieczny 13. Urządzenie umożliwiające sekwencjonowanie pełnej długości transkryptów po wcześniejszej konwersji materiału RNA do komplementarnego DNA (cDNA) przy wykorzystaniu metody odwrotnej transkrypcji Warunek konieczny 14. Urządzenie umożliwiające pozycjonowanie modyfikacji epigenetycznych w genomie wyłącznie dzięki analizie kinetyki reakcji sekwencjonowania DNA Warunek konieczny 15. Urządzenie dające możliwość pozycjonowania modyfikacji epigenetycznych w sekwencji DNA Warunek konieczny 16. Możliwość pozycjonowania modyfikacji epigenetycznej 5mC bez konieczności wcześniejszej konwersji przy użyciu dwusiarczanu sodu Warunek konieczny 17. Urządzenie umożliwiające uzyskanie pojedynczych odczytów sekwencji nukleotydowych cząsteczek DNA o średniej długości nie mniejszej niż 20 000 kpz Warunek konieczny 18. Urządzenie umożliwiające uzyskiwanie odczytów sekwencji nukleotydowych o długości powyżej 80 kpz Warunek konieczny 19. Informacje na temat sekwencji nukleotydowych pozyskane w reakcji sekwencjonowania umożliwiające analizę strukturalną genomu z uwzględnieniem: VNTR, duplikacji, duplikacji rozproszonych, translokacji, inwersji, insercji oraz polimorfizmu pojedynczych nukleotydów (ang. SNP). Warunek konieczny 20. Urządzenie pracujące w technologii umożliwiającej sekwencjonowanie oraz pozycjonowanie w genomie długich rejonów powtórzeniowych bogatych w trójnukleotyd CGG oraz rejonów bogatych w reszty AT Warunek konieczny 21. Urządzenie pracujące w technologii umożliwiającej sekwencjonowanie homopolimerów DNA i dającej informacje na temat ich długości – przykładowo charakterystyka długości ogonów poliA obecnych w transkryptach matrycowego RNA (mRNA) Warunek konieczny 22. Urządzenie dostarczone z odpowiednimi płytkami (chipami) umożliwiającymi jednoczesne sekwencjonowanie pojedynczych molekuł DNA/cDNA w czasie rzeczywistym, w dołkach reakcyjnych, w ilości 1 000 000 dołków reakcyjnych przypadających na płytkę Warunek konieczny 23. Urządzenie dostarczone z dedykowanym systemem UPS Warunek konieczny 24. Waga urządzenia UPS nie większa niż 60 kg Warunek konieczny 25. Wymiary urządzenia UPS nie większe niż: wysokość 75 cm, szerokość 20 cm, głębokość 60 cm Warunek konieczny 26. Urządzenie dostarczone z zestawem służącym do konstrukcji bibliotek DNA – cząsteczki DNA stanowiące matryce do reakcji sekwencjonowania mają formę kolistą dzięki zastosowaniu uniwersalnych adaptorów o strukturze typu „spinka do włosów” (ang. stem-loop structure) zawierające: a) Automatyczną stację do przygotowywania bibliotek DNA: a. wyposażoną w wymienne moduły, co najmniej: i. termocyklera ii. grzewczo-chłodzący iii. termowytrząsarki iv. statywu magnetycznego v. co najmniej jednego podajnika racków z tipami vi. ramienia transportującego płytki vii. wymiennych pipet – co najmniej jednej 96 kanałowej o zakresie objętości roboczych 5-1000 µl oraz co najmniej dwóch pipet 8 kanałowych o objętościach roboczych 1-50 µl i 5-1000 µl viii. zrzutu zużytych tipów (...) cd. w polu 5.1.6 Informacje ogólne - Informacje dodatkowe